Juan Ciudad Duarte nació en marzo de 1495 en un pueblo llamado Montemoro-Novo, en el centro-sur de Portugal. La familia Ciudad Duarte, en 1503, permitió que su hijo Juan, de ocho años de edad, fuese llevado a España, a través de algún contacto de confianza, para que aprendiese el oficio de pastor y ser así educado en una respetable casa cristiana, en Oropesa (Toledo).